Dipende dal tipo di filesystem in cui è stata formattata la partizione. Se la partizione è stata formattata sotto ntfs, allora il problema deriva proprio da questo.
Se non hai trovato niente nel wiki, procedi all'esecuzione di GParted. Una volta masterizzato il disco immagine, dovrai avviarlo come disco di boot. Puoi scaricarlo liberamente (ovviamente, poichè Open Source) da:
http://gparted.sourceforge.net/ [nofollow]Procedi al partizionamento tramite questo LiveCD, e ricorda di formattare le partizioni in un filesystem compatibile con Linux (Fat32, ext3, ext4 etc).
E' possibile effettuare la conversione da FAT32 a NTFS senza problemi e senza perdere dati, ma per proseguire con la procedura inversa (da NTFS a FAT32) bisogna necessariamente riformattare tutto.